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操作温度
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大別して高温型（６０℃前後）と中温型（３０〜４０℃）に分けられる。下水汚泥のコンポスト化操作などでは高温で の操作が反応速度を高く保つ上で有利になるが、生ゴミ処理の場合は、分解しやすいためか、中温での操作でも実用上 分解速度の違いはさほど感じられない。高温操作の場合には、加温に必要なヒーターの消費電力が大きくなり、また一 般に高温の方が強い臭気を発生するケースが多く、家庭用の生ゴミ処理機では中温操作が一般的である。中には加熱を 行わず、温度維持は発酵熱の発生のみに頼ってあとは室温放置、という方式もある。寒冷地以外ではこの方式でも比較 的順調に操作できる場合がある。生ゴミ処理では、比較的低い温度でも分解が進むケースが多い。なお通常の微生物で は、好熱性と呼ばれる菌群でも最適生育温度は６０℃前後で、７０℃以上の高温では微生物の活性は急速に低下する。 これは菌体を構成するタンパク質の変性温度が６０℃前後だからで、低温殺菌（パスツーリゼイション）が６０℃付近 を基準とするのもこの理由による。したがって８０℃とか８５℃での微生物処理をうたうメーカーや装置も存在するが 、きわめて特殊な微生物を用いた例と考えられる。
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攪拌方式
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攪拌は微生物と生ゴミの接触を促し、かつ新鮮な空気を取り入れ内容物の均一化を図るために必要な操作で、ほとんど の処理装置が何らかの攪拌機を採用している。圧倒的に多いのは、回転軸を横に通し、適当な形状の羽根を固定させて 内容物をかき混ぜる方式である。攪拌羽根の形状は各社さまざまであり、羽根ではなく棒を用いるタイプもある。回転 軸が縦になる方式は、１点支持型になると、漕底部を貫通させる場合にはシールが問題になるなどの理由で、実用例は 多くない。
また上記のような内部攪拌ではなく、槽全体を回転・振動・上下動などさせることにより内容物の混合を図る方式も 考案されているが、実用例は未だ少ない。
攪拌の最適条件を求めることは、実はかなり難しい。まず攪拌の強度（毎分の回転数）をどのようにとり、連続攪拌 するか間欠攪拌にするかを決めなければならない。攪拌を行わないと、内容物の均一化が阻害され、空気の流通が滞っ て分解速度が低下するから、ある程度の攪拌が必要ではあるが、消費電力を節約する意味からは、攪拌をなるべく省き たい。通常は、タイマー用いた間欠攪拌が採用されることとなるが、攪拌のＯＮ／ＯＦＦの長さと比率の組み合わせは 無限になるから、実験ですべての条件を試すことはできない。したがって多くの場合、攪拌条件は経験的に決められて いる。
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バルキング材
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多くの生ゴミ処理機では、通気を促すため堆積層内に粒状の副原料を混合する。この副原料はバルキング材と呼ばれ 、オガクズ・モミガラなどのほか、ウッドチップに用いられる。そのため働きは反応り進行に必要な酸素を供給するた めの空間を堆積層内に作るだけでなく、水分調整材としての役割も果たす。したがってバルキング材の必要量あるいは 最適使用量は、通気性改良材としての働きと水分調整材としての必要性の両面から決められることになる。現在、最も 多く使われているのはオガクズである。
ウッドチップは分解速度が小さいので、残渣を篩い分けしてリサイクル使用できる。原料へ混合したウッドチップの 約７０％が回収・再利用されるといわれている。オガクズは家畜舎の敷料にも用いられ、畜糞尿の水分を吸収して排水 処理を不要とする利点があるため、需要が多い。地域によっては１万円／ｍ３以上もする場合があり、生ゴミ処理の経 済性に大きな影響を与える。一方、モミガラは、オガクズに比べて用途の競合が少ないので入手は比較的容易であるが 、排出時期が限られるという大きな欠点がある。（嵩密度が小さいので、年間を通じて用いるのには大きな貯蔵空間・ 敷地を要する。）モミガラはまた、そのままでは堅く吸水性が少ないため、しばしば破砕して用いられるが、シリカが 多く堅いため破砕機の摩耗速度が大きく、電力節約の意味からも、破砕の度合は最小限に留められている。
最近はバルキング材をしてセラミック粒子を用いる例なども現れている。オガクズ・モミガラなどは一定期間ごとに 交換・追加などを行わなければならないのに対し、こうした有機物ではかなりの長期間、交換不要で使える利点がある 。今後、使用に便利なバルキング材の開発が進むものと予想される。
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通気方式
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通気は反応に必要な酸素を供給するともに、生ゴミ中の水分を系外へ排出し、槽内部温度の調整も行う重要な操作で 、ほとんど全ての生ゴミ処理機にはブロワーまたはファンによる通気装置が装備されている。ただし、通気は大半が堆 積層上部から行われ、空気が堆積層表面をかすめていく方式であるため、通気の効率はさほど高くない。理想的には、 層底部から通気するのが効率的であるが、散気装置の目詰まり等の問題があり、底部からの通気方式は少ない。また後 述するが通気量の制御は、処理機の操作因子として極めて重要であるが、通気量の完璧な制御を実現した装置は未だ見 当たらない。
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